Assembleia Geral
A estrutura organizativa do SINDIEDUTEC tem sua instância máxima na Assembleia Geral Estadual, constituída pelos sindicalizados admitidos no mínimo com trinta dias antes de sua realização e em dia com as contribuições sindicais.
Conselho Estadual
Em cada município em que existe uma unidade de ensino com servidores filiados, denominado de Unidade Descentralizada do SINDIEDUTEC, existe uma OLT - Organização por Local de Trabalho. Esta OLT é organizada por município e por Instituição (no caso de Curitiba, por exemplo, há uma OLT no IFPR e outra no Colégio Militar de Curitiba). Esta OLT, em caso de Unidades Descentralizadas com até cem (100) servidores, é composta de um servidor docente e um servidor técnico administrativo eleitos pelos seus pares como Representantes Sindicais de Base, em assembleia convocada especificamente para este fim. No caso de Unidades Descentralizadas com mais de cem servidores, é eleita uma Seção Sindical para organizar o Sindicato na base, composta de três membros. A eleição também é feita em assembleia geral convocada especificamente para este fim e presidida por um membro da Direção Estadual. Estes representantes eleitos pelos seus pares (um Representante Sindical de Base ou o presidente da Seção Sindical) mas a Diretoria Estadual forma o Conselho Estadual, segunda instância de decisão do SINDIEDUTEC.
Diretoria Estadual
A Diretoria Estadual, composta de onze cargos, é a instância decisória e executiva e compõe a terceira instância de decisão.
Conselho Fiscal
A instância fiscalizadora e de controle do Sindicato é feita pelo Conselho Fiscal, composto de 5 membros e eleitos de forma independente.